7 августа 1994 года в Башкирии произошел прорыв плотины Тирлянского водохранилища и нештатный сброс 8,6 млн куб. м воды. Погибли 29 человек, 786 остались без крова.
В зоне затопления оказалось 4 населенных пункта, 85 жилых домов было полностью разрушено. Ущерб оценивался в 52,3 млрд неденоминированных рублей. 16 и 17 мая 1998 года в районе города Ленск в Якутии два ледяных затора на реке Лене вызвали подъем воды на 11 м.
В зоне затопления оказались 97 тыс. человек, 15 погибли. Ущерб превысил несколько сотен миллионов рублей. 12 мая 2001 года Ленск вновь был почти полностью затоплен из-за паводка, что привело к гибели 8 человек. Было затоплено 5162 дома. Всего от паводка в Якутии тогда пострадало свыше 43 тыс. человек.
Общий ущерб составил 8 млрд руб. 7 июля 2001 года в Иркутской области из-за сильных дождей ряд рек вышли из берегов и подтопили 7 городов и 13 районов (всего 63 населенных пункта).
Особенно пострадал Саянск. По официальным данным, погибли 8 человек, пострадали 300 тыс. человек, было затоплено 4635 домов. Ущерб — 2 млрд руб.
В июне—июле 2002 года из-за дождей вышли из берегов реки в девяти регионах юга России, в том числе Кубань, Лаба, Белая, Уруп и Сунжа. Жертвами стали 114 человек, в общей сложности пострадало свыше 380 тыс.
Было разрушено 13 тыс. жилых домов, повреждено более 41 тыс. Общий ущерб тогда составил свыше 18 млрд руб. В августе 2002 года наводнение произошло в районе Новороссийска.
Погибли 62 человека. Было повреждено почти 8 тыс. жилых домов, ущерб оценивался в 1,7 млрд руб. В апреле 2004 года в результате половодья в южных районах Хакасии затопило 24 населенных пункта (всего 1077 домов).
Погибли 9 человек. Ущерб превысил 29 млн руб. 16 октября 2010 года в Краснодарском крае сильные дожди подняли уровень горных рек, затопив 30 населенных пунктов в Туапсинском и Апшеронском районах, а также рядом с Сочи.
Жертвами стихии стали 17 человек, пострадало более 5,1 тыс. Ущерб оценили в 2 млрд руб. 6−7 июля в 2012 году в Краснодарском крае количество выпавших осадков составило 3−5 месячных норм, что вызвало сильный паводок на реке Адагум в районе города Крымск. Пострадали 34 тыс. человек, погиб и пропал без вести 171 человек.
Сильнее всего пострадали город Крымск, станица Нижнебаканская, хутора Армянский, Шептальский, Новоукраинский.
По оценке минфина Краснодарского края, ущерб от наводнения составил 20 млрд руб. С 10 августа по начало ноября 2013 года юг Дальнего Востока пострадал от масштабного наводнения, вызванного затяжными интенсивными осадками, которые привели к увеличению уровня воды в реке Амур.
Пострадали шесть регионов: Амурская и Магаданская области, Еврейская автономная область, Приморский край, Якутия и Хабаровский край. Пострадали около 190 тыс. человек.
Ущерб составил 527 млрд руб. При оказании помощи населению погиб солдат контрактной службы. В июне—июле 2019 года крупное затопление произошло в Иркутской области.
Причиной стали затяжные ливни, наиболее сильный паводок имел место на реке Ия в Тулунском районе. В регионе была частично разрушена автомобильная инфраструктура, прервано движение по федеральной трассе Р-255 «Сибирь». Наводнение затронуло десять районов Иркутской области.
Было подтоплено 109 населенных пунктов с почти 11 тыс. жилых домов. В конце июля Иркутская область пережила вторую волну наводнения. Были подтоплены 58 населенных пунктов, в том числе города Тулун, Нижнеудинск и Байкальск. В результате наводнения погибли 26 человек.
Власти Иркутской области оценили ущерб в 31,2 млрд руб.